Hast du auch mal die DC-CDI Projekte auf der Seite angeschaut? Die arbeiten mit einem MC34063, der als Step-Up Konverter geschaltet ist (der MC34063 ist aber auch ein recht alter Zeitgenosse).

Alternativ kannst du vielleicht die Blitzschaltung aus einer Einweg-Kamera verwenden. Informationen wie die aufgebaut sind, müssten hier im Forum rumschwirren.
Die IC's die das schaffen gibt's natürlich auch vom Hersteller direkt (National, Maxim und wie sie alle heißen).

Was dein Masse-Problem angeht: Das hab ich nicht so ganz verstanden. Wie schaffst du es, eine Spannungsquelle kurz zu schließen während des Funkens?
Nachdem alle mir bekannten Zündkerzen einpolig sind und der Motor immer auf Masse liegt, hast du aus meiner Sicht eben keine andere Wahl.
Was du machen kannst, ist, die Schaltung welche den Zeitpunkt zum Zünden bestimmt und das Zündsignal gibt, galvanisch von Motor und HV-Teil zu trennen. Das müsste mit einem Optokoppler ganz gut funktionieren.
Wenn du die Stromzufuhr zum Kondensator während der Zündung unterbrechen willst (was eigentlich ziemlich unnötig ist, wenn der Funken <1ms brennt) dann kannst du einen Schaltregler mit "Enable" Eingang aussuchen. Damit kannst du den Schaltregler vorübergehend abschalten.

Gruß
Basti