Wenn man nur einen µC nimmt, braicht man keinen so genauen Takt für die UART mehr. Für die Tempo- und Drehzahl- Messung sollten die etwa 2 % Ungenauigkeit des Internen RC-Taktes noch nicht so schlimm sein. Wenn man unbedingt will, kann man den Takt aber auch gegen den 32 kHz Uhrenquarz nachmessen, bzw korrigieren.
Damit sehe ich keine Probleme damit den eigentlichen µC mit 1 MHz oder auch 8 MHz vom RC Takt laufen zu lassen, und den 32 KHz Quarz für Timer 2 zu nutzen, so wie oben schon angesprochen.

Wenn es früher mal nicht mit Interrupts geklappt hat, dann war das vermutlich ein realtiv einfaches Softwareproblem, das man vermutlich einfacher lösen kann, als die kommunikation mit 2 µCs.