Wenn es nicht nur eine Kleinigkeit ist mach ich mir auf einem Blatt Papier ein Ablaufdiagramm mit den grundsätzlichen Funktionen.
Wenn ein Programmteil eventuell in anderen Programmen wieder verwendet werden kann, ist eine separate Datei mit Header günstig.
Ob du Funktionen in eine eigene Datei packst oder alles in einer Datei lässt, ist vollkommen egal. Nach dem Compilieren packt der Linker ohnehin alles zusammen. Der Programmablauf steht dann im Flash und wird von dort aus abgearbeitet.