Klingt stark nach Spannungseinbruch was du da beschreibst. Du kannst mal versuchen die Logik von der Leistungselektronik zu entkoppeln. Dazu versorgst du die Logik mit einer eigenen Batterie (GND zusammen schalten).

Dass sie rumzappeln, liegt dann an falschen Signalen bzw. nicht korrekt übermittelten Signalen. Mit dem Multimeter wirst du sowas nicht messen können, dazu braucht man leider ein Oszi.

Ansonsten hilft es auch einen 100Ohm Widerstand zwischen Signal und I/O Port des µC zu hängen.