Ich weiss nicht welche PWM-Frequenz du verwendest, aber schon bei 100Hz sollte da nichts flackern. Wenn doch, dann hat das andere Gründe, eher noch zu kleiner Elko.
Man rechnet für durchschnittliche Siebung 1000µ je A Stromverbrauch, das würde für dich umgerechnet nur 10mA sein. Lampen sind Kaltleiter, das heisst der Widerstand ist beim Einschalten sehr gering, da kann leicht der doppelte Strom fließen. Wenn eine schon leuchtet und die andere schaltet ein, wird die Spannung schwanken.