Wenn du die Kommunikation über die serielle Schnittstelle abwickeln willst, rate ich von Java ab. Schnittstellenkommunikation unter Java ist ne ganz ätzende Sache, die keinen Spaß macht. In C oder C# ist das allerdings total einfach (ick wees ja nich, was du schon weist, deswegen schreib ich einfach mal ). Da sind die Schnittstellenobjekte "gleich mit bei".

Wenn du schon Ahnung von Hardware hast, würd ich mir an deiner Stelle einfach ne schöne Lochrasterplatine fertig machen. AT-Mega8, FTDI-Chip für die Schnittstelle, ein paar Motortreiber, Netzteil fertig.
Das ist dann auch wesentlich billiger.