Da im Auto je nach Ladezustand der Batterie mal mehr und mal weniger Spannung anliegt, würde ich einen Widerstand z.B. 10 Kiloohm und eine Z-Diode 4,7V, die parallel zum Eingang des AVR liegt, verwenden wollen.

Alternativ könnte man auch Optokoppler an die 12V Leitungen hängen und auf der Controllerseite mit dem Transistor im Optokoppler einen Pin nach GND ziehen. Dadurch wäre dann der Ansteuerkreis von der Microcontrollerseite galvanisch getrennt, was im Auto sicher kein Nachteil ist.

Was man auch im Auge behalten sollte ist der Stromverbrauch, da den ja die KFZ Batterie liefern muß.

Ich würde die Schaltspannungen, egal wie sie den nun an den Controller gelangen, per Interrupt verarbeiten und in den Ruhephasen den Controller in den Sleep Modus ( StandBy ) schicken.