1) Die Motoren direkt an den Akku, da ist keine Regelung auf exakt 12V nötig. Für die 5V/3,3V hängt es vom benötigten Strom ab, welche Schaltung geeignet ist. Bei kleinen Strömen, bis etwa 300-500mA, wären Linearregler wie 7805 und LF33 geeignet. Wenn mehr Strom gebraucht wird, wären Schaltregler wie der LM2576 die bessere Wahl, weil dann die Verluste deutlich kleiner sind.
2) Das geht mit einem Spannungsteiler.
3) Wenn die Akkus nur bei ausgeschaltetem Bot geladen werden müssen, würde ich einen Umschalter als Hauptschalter vorsehen. Also: Schalter auf Position A-> Akku an Elektronik verbunden. Schalter in Position B-> Akku mit Ladebuchse verbunden.