Hallo,
ich würde meiner Meinung nach die Schaltung nicht direkt an den Batterien betreiben. Eine Batterie / Akku ist ja nicht sofort leer, sondern die Spannung sinkt langsam. Auch mit Spannungseinbrüchen wirst du dann rechnen müssen, der Microcontroller und andere Peripherie zieht ja im Peak auch einiges. (Wobei das durch nen Kondensator zu beheben sein müsste).
Empfehlenswert wäre hier die Verwendung von einem Schaltregler (Step-Up-Wandler/Aufwärtswandler).
Im Batteriebetrieb ist aber kein Linearregler wie z.b. der 7805 zu empfehlen - die haben einen zu geringen Wirkungsgrad.
Ein Step-Up-Wandler wäre dann schon ideal. Dort kannst du per Widerstand einstellen wie hoch die Ausgangsspannung sein soll. Hast du als beispielswiese 3V im Eingang dann wandelt er dir das hoch auf 5V. Sollte es dann auf 2,8V sinken hast du immernoch 5V.
Grüße
Edit (ein bisschen was im Post angepasst und noch ein zusätzlicher Link
http://www.rn-wissen.de/index.php/Spannungsregler
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