Viele USB-Adapter haben nur die Pins TXD, RXD und GND auf der seriellen belegt. Teils werden jedoch noch die anderen Pins gebraucht und es funktioniert warschienlich deshalb oft nicht.
Womit du das Programm - also die HEX-Datei - auf den µC überspielst ist eigentlich egal. Du kannst jedes Programm, das eine Programmierfunktion für den bestimmten Programmieradapter besitzt benutzen. Musst ja nur, wie Hubert G. bereits sagte die HEX-Datei ins Programm laden.