Zunächst ist es einmal wichtig, dass du dir überlegst, welche Funktionen du mit Hardware unterstützen willst oder musst.
Die AVRs haben Hardware an Bord, die dir erlaubt, unabhängig vom Programm bestimmte Aktionen auszuführen.
Willst du z.B. ein oder mehrere PWM Signale ausgeben, dann ist es sinnvoll, dafür die Ausgänge OC0, OC1A, OC1B und OC2 zu benutzen. Dann können diese Signale von den Timern ausgegeben werden, ohne dass du in deinem Programm dauernd dafür etwas tun musst.
Ebenso beim Tacho Signal. Dafür kannst du den ICP1 nehmen.
Die ADC Eingänge musst du nehmen, wenn du analoge Signale auswerten willst.
Falls du schnelle Signale hast, auf die du unmittelbar reagieren willst, dann nimmst du dafür die externen Interrupt Eingänge INT0 - INT2.
Hardware SPI über MISO, MOSI, SS und SCK.
Für I2C sind es die Pins SDA und SCL.
Wenn du das alles abgeklopft hast, kannst du für ein LCD die dann noch frei bleibenden Pins nehmen. Bei den Graphik LCDs müssen diese allerdings häufig auf einem Port liegen.
LEDs und Taster kannst du sowieso über jeden beliebigen Pin steuern.

Gruß

Rolf