Die 16 Bit timer und zum Teil auch die 8 Bit Timer haben einen Modus wo man angeben kann wie weit der Timer zählt. Danach fängt er dann wieder bei 0 an. Zur Erklärung siehe hier:
https://www.roboternetz.de/wissen/index.php/Timer/Counter_(Avr)

Zusammen mit der Möglichkeit auch die Ausgabe von der Hardware machen zu lassen, geht die Frequenzerzeugung dann gang im Hintergrund, ohne Interrupt.