Lies dir bitte doch erstmal die Tutorials (Linksammlung) durch, du wirfst da noch diverse Sachen/Begriffe durcheinander. Die Uhrzeit könnte man in der Endapplikation auch mit Tastern einstellen, wie es bei jedem Radiowecker gang und gäbe ist.
Achso, es gibt einen Unterschied zwischen I²C, USART, SPI, ...
Ansonsten ein Tipp, der für jeden Anfänger gilt: Lege dich zuerst auf einen Controller fest (ATMega, PIC, ...). Dann lass mal ein paar LEDs blinken. Und dann kannst du nochmal über die Uhr nachdenken.
Soll nicht überheblich klingen, ist für den Einstieg aber halt besser geeignet.