abend,
Was genau hast du denn für anforderungen an dein embedded system. Wie groß darf das Ding sein, wo wird es montiert werden --> Umweltbedingungen.
Was für 3D Anwendugnen sollen darauf laufen?

Wenn du jetz keine "extremen" anforderungen hast, kannst du einfach einen PC mit kleinem Formfaktor nehmen. Bsp: mini/micro ITX oder sowas wie die EEE-Box ist vielleicht auch interessant.

mfg