Du meinst wahrscheinlich 0,67mV pro Grad/s? Das wäre dann eine wirklich kleine Amplitude die muss ziemlich verstärkt werden. Mit analoger Filterung meine ich Bandpass am Gyro und lowpass am ACC. Dadurch kannst du eine Komplementärfilterung erwirken, d.h. Gyro und ACC unterstützen sich bei der Erfassung des Ist-Position.
Soweit ich weiss kannst du die Flight Control selber programmieren. Du musst mal gucken ob es eine genaue Portbeschreibung für den Controller gibt, ansonsten musst du dir das aus dem Quellcode herauslesen. GPS + Höhensensor + Kompass werden des öfteren an Mikrokoptern verbaut, daher sollte das relativ problemlos möglich sein...