Der Jumper muss gesteckt sein wenn du den Mega32 auf deinem USB-Prog neu programmieren willst. Das ist aber nicht notwendig da das AVR-Studio deinen Programmer ja richtig erkennt. Wie willst du ihn denn auch ohne Programmer programmieren.
Warum auf deinem Board ICSP steht wissen wohl nur die Entwickler.
Kontrolliere mal den Reset.