Wenn du den AVR über einen Bootloader programmierst, dann reicht der Chip aus. Willst du ihn weiter über ISP programmieren, so musst du noch einen AVR zwischenschalten und benötigst das KnowHow, das Gast anspricht.

Parallel brauchst du damit nichts machen.

Also wenn du nur den Chip anklemmst: Programmieren via Bootloader (UART) und Kommunikation mit dem PC (auch über das UART).

Viele Grüße
Flite