Ich habe dann einen Kerko von 1nF parallel zum Motor geschaltet, um die Spannungen zu glätten.
Um die Spannung am Shunt zu messen, brauchst du nicht die PWM am Motor zu glätten.
Du must einfach je einen Kondensator von deinen ADC-Eingängen nach GND schalten, also parallel zu den 10k Widerständen.

Wenn du ein Oszi hast, kannst du ja den Tastkopf an die Eingänge halten und das Ergebnis je nach Wert der Kondensatoren sehen. Sie sollten aber auch nicht zu groß sein, weil dann die Strommessung zu träge werden könnte. Versuchen würde ich von 220nF aufwärts bis 10uF Elko.

Gruß Dirk