Genauso sieht's bei mir auch aus, aber ich habe mal einfach die Einstellung unter Discovery Options unverändert gelassen, dann lässt sich beim Demo Projekt ein Clean und auch ein Build ohne Fehlermeldung durchführen...
Und die Fehlermeldung von oben ist auch weg...

Nur diese Warning in dem Problems Tab bleibt bestehen:
Description Resource Path Location Type
Error launching external scanner info generator (gcc -E -P -v -dD D:/Eigene Dateien/MK/Projects/EclipseWorkspc/.metadata/.plugins/org.eclipse.cdt.make.core/specs.c -mcpu=arm7tdmi -O0 -mthumb-interwork) SAM7S256Test1 Unknown C/C++ Problem