Hat die JTAG-Schnittstelle nicht 6 Pins?
Bei den kleineren Megas gibt es die nämlich nicht, dort gibt es maximal die Debug-Wire Schnittstelle (Mega8 Bild   wegen der begrenzten Anzahl an Pins.
Prinzipiell geht auch das Programmieren über JTAG, steht aber in dem genannten PDF drin. Auch das normale Programmieren über ISP geht.