Hat die JTAG-Schnittstelle nicht 6 Pins?
Bei den kleineren Megas gibt es die nämlich nicht, dort gibt es maximal die Debug-Wire Schnittstelle (Mega8 wegen der begrenzten Anzahl an Pins.
Prinzipiell geht auch das Programmieren über JTAG, steht aber in dem genannten PDF drin. Auch das normale Programmieren über ISP geht.