Wenn deine LED's eine gemeinsame Anode haben, könntest Du einen integrierten Treiberbaustein wie z.B. den ULN2003 einsetzen.
Der kann pro Kanal 500mA schalten, was für die meisten LED's ausreichen dürfte.
In so einem Chip sind Quasi 7 Transistoren in einem Gehäuse eingebaut.

Bei nur 6 Ausgängen bringt multiplexen nicht wirklich viel ( 2*3=5 Leitungen ), ausserdem muß man ja auch die Anoden der LED's ansteuern und dafür gibt es keine wirklich geeigneten ( einfachen ) integrierten Treiber.
Bei einer 72LED Matrix sieht das natürlich anders aus.
Aber dazu braucht man dann schon 8+9=17 Ausgänge. Da wird dann ein ATMEGA8 schon sehr knapp. Da wäre wohl ein ATMEGA16 schon besser geeignet.
In der Elektor 12/2008 war ein LED Kubus mit 125LED's drin.
Eventuell kannst Du daraus einige Schaltungs und Softwareanteile übernehmen??