Hallo , da hat sich ja schon einiges getan!
Deine Platine sieht schön geordnet aus, aber der Abstand zwischen Leiterbahn und Polygon ist sehr knapp bemessen, der Platinenhersteller würde das denke ich aber schon hinbekommen.
Zur Aref und AVCC Beschaltung: einfach mit jeweils einem 100nF gegen GND beschalten ist ausreichend. Wenn du willst kannst du ja auch noch eine Induktivität als bedrahtet und SMD aud der Unterseite vorsehen. Wenn du erstmal ohne probieren willst, einfach durch eine Brücke ersetzen.

Viel Spaß noch

Neutro