Die 100 nF gibt es auch bei Reichelt als keramische Kondensatoren als größe 0805 und 1206. Die beiden größen lassen sich auch noch gut von hand löten. Die SMD Folienkondensatoren sind ziehmlich hitzeempfindlich und außerdem vor allem teuer.
Die Abblockkondensatoren sollten für beide µC seperat ran, und dann für VCC-GND und AVCC-AGND jeweils einer.
Wenn man schon 2 seitig will, könnte man eine etwas größere Masse-ebene vorsehen. Für den noch freien Platz wäre ein max232 oder so sinnvoll. Vor dem Spannungsregler sollte eine Diode (1N4002 oder ähnliches als SMD reichen)

Für einiger der Portpins sollte man Serienwiderstände (ca. 100 Ohm) vorsehen, damit man da längere Kabel anschließen kann ohne viele Störungen.

Man würde einiges weniger an Bahnen haben, wenn man den Mega8 um 90 Grad dreht, in einer Reihe mit dem andern µC.

Die Platine ist dann aber so einfach, das könnte man auch noch auf Lochraster hinkriegen.