Erstmal noch was vorneweg...ist das jetz deine Schaltung? Dann hast du immernoch den Reset# vergessen...
Leg ihn einfach an Versorgerspannung vom FT232RL.
Ebenso ist auch noch kein Takt angeschlossen, also würde so auch noch nix funktionieren!...Anschluss OSCI und OSCO!
Mhm...ich kenn den Handshake nur mit verbundenen RTS# und CTS#. Was jetz jedoch DTR# macht..weiß ich nicht. Kannst ja mal aufbauen und mit nem Oszi anschauen, was aus dem Pin rauskommt (zeitlicher Verlauf). Vllcht ist es ja sowas wie CTS# einfach ein Signal für den anderen nachfolgenden Teilnehmer (in deinem Fall der ATMega), damit dieser weiß, dass jetzt Daten kommen oder von ihm Daten empfangen werden können...
Ich glaub nicht, dass was kaputt geht, wenn du die Verdrahtung von DTR# so lässt. Es könnte höchstens sein, dass halt die Übertragung nicht funktioniert, also der ATMega keine Daten vom FT232RL bekommt.
Dann weißt du vllcht bescheid, woran es liegen könnte