Also ich das jetzt mal selbst an nem 2313 ausprobiert.
Ich hab, wie gesagt, das PWM-Signal über einen I/O-Pin eingelesen und unvertiert an einem anderen I/O-Pin ausgegeben.
Im Grunde hat es auch gut funktioniert, nur darf das der Programmablauf nicht unterbrochen werden (z.B. mit wait). Die Invertierung müsste quasi dauernd im Hintergrund laufen.
Um dies sicherzustellen müsste man dann einen Interrupt verwenden, der entweder auf das PWM-Signal getriggert wird oder alle paar Millisekunden aufgerufen wird.

Aber falls ihr andere (bessere) Ideen habt, dann ruhig her damit.