Also deine Idee hab ich verstanden, klingt auch gar nicht so dumm, aber wie du eben bemerkt hast, ist die Kommazahl ein entscheidender Faktor
Allerdings muss ich dir im Punkt 3 widersprechen:
Der Timer läuft vom angegebenen Wert (65535-7812,5) bis zum Maximalwert (65535).Du setzt durch TCNT1 die aktuelle "Position" des Timers.
Zu dem Thema mit dem Magnetventil oder 2. Pumpe: Wenn es denn bei den 2 Kreisen bleiben soll, würde ich das evtl von den Kosten/Aufwand abhängig machen. Bei einem Magnetventil musst du 3 Relais ansteuern (Pumpe, Ventil1, Ventil2), bei einer 2. Pumpe nur 2. Bei der Frage mit der Belastbarkeit der Pumpe kann ich dir leider nicht helfen, aber wenn diese nur für 4sek angeschaltet wird kann ich mir nicht vorstellen, dass da allzuviel passiert. Bin dann schonmal auf das Gehäuse gespannt..
Gruß, homedom