Grundsätzlich würde ich die beiden 7,2V Akkus parallel Schalten, da wenn sie einzeln die Motoren speisen, einer mehr als der andere entladen werden könnte. Durch die Parallelschaltung sollten die beiden Akkus zu gleichen Teilen entladen werden (notfalls braucht man hier eine Elektronik die sowas steuert).

Ansonsten lässt sich die Elektronik oder der Rest immer sehr gut mit einer 9V Batterie über einen Spannungsregler (auf 5V) versorgen. Alternativ könnte man auch gleich die Motorspannung nutzen, dann gilt es Leistungsteil und Logikteil sauber voneinander zu trennen um keinen ärger in der Elektronik zu bekommen, wenn die Motoren hohe Ströme ziehen.