Hallo Repi,
highside geht, das habe ich ausprobiert. Als referenz habe ich sowohl 1,1V als auch 2,56V verwendet. Du kannst die Reihenfolge sogar intern umdrehen (also ADC2 <--> ADC3).

Beachte aber, dass es sich eher um Hausnummern handelt.
1. sind die shunts relativ ungenau
2. referenz ist ungenau
3. adc ist ungenau
4. interner opamp ist ungeau