WinAVR kann man sehr gut zusammen mit AVRStudio nutzen. Winavr soll aber auch ohne gehen.
Das Übertragen des Programms mit dem Mysmart AVR müßte auch gehen. Es wird ja erstmal ein .hex File erzeugt, und das kann man dann von der Programmiersoftware laden. Zur Auswahl hat man wenigstens AVRdude (aus Winavr), den Teil von Bascom und die Ansteuerung direkt von AVRstudio (wird eher nicht mit mysmartusb gehen).

AVRdude ist von der Bedienung etwas kryptisch, weil es als Programm für die Kommandeozeile gedacht ist. Mit einer kurze Batchdatei passend zum eigenen Programmer / controller ist es aber nicht mehr so schlimm.