Zur Entkopplung halt die typischen Verfahren:
Den Entkoppelkondensator so kurz wie Möglich anschleißen. Bei der Platine also wohl als SMD-Keramik unter den Chip. Alternativ noch ein Keramik Kondensator direkt unter dem Sockel, wenn das IC als DIP Ausführung sein soll. Die Masseleiterbahnen sollten relativ dick sein, idealerweise einen eigenen Durchgehenden Masse-ebene.
So ähnlich sollte es auch bei den anderen Digitalschaltungen aussehen. Je nach restlicher Schaltung eventuell eine kleine Spule/Widerstand als Trennung in die VCC Leitung. Auch eine relativ niedrige Versorgungsspannung (z.B. 4 V) kann helfen weniger Störungen zu verursachen. Weil es ja nur um rund 600 kHz geht, könnte man auch die langsamere MOS Version (HEF , CD, HC1.. je nach Hersteller) des 4046 statt der schnelleren 74HC4046 zu nehmen.

Die Leitungen mit den Digitalsignalen von und zum PLL sollte kurz (<5 cm) sein. Eventuell sogar Widerstände von etwa 50-100 Ohm an den Ausgängen vorsehen, wenn die Leitungen länger sind oder mehr als 2 Eingänge dran hängen.

Der Loop filter sollte auf eine direkte Masseverbindung zum IC achten, vor allem der Kondensator am Ausgang. Wenn da Elkos genommen werden, sollte noch eine kleiner Keramik (z.B. 470 pF) parallel bei C1 und C3.

Man muß es aber auch nicht Übertreiben. Schon der Schritt vom Steckbrett auf eine einigermaßene Platine bringt viel.