Der Loopfilter sieht relativ kompliziert aus, aber da habe ich auch immer so meine Probleme mit. Wenn der Funktioniert, dann ist das ja schonmal OK. Wenn man den Loopfilter testen will, kann man da ein zusätzliches externes Signal einkoppeln und dann die antwort darauf anschauen. Wenn der Filter gut ist, sollten das zusätzliche Signal einen eher glatten frequenzganz zeigen. Wenn die PLL Schleife zur Instabilität neigt, sollte man das als Resonanzartige Effekte beim Zusatzsignal erkennen.

Den Teil mit dem Loopfilter sollte man auf alle Fälle gut abschirmen, denn kleine eigekoppelte Störungen hier führen zu einer Frequenzmodulation, die man auch nicht unbedingt am Oszilloskop sieht, es sei denn man triggert das Ozilloskop unabhängig, z.B. vom Teiler aus der das 327 Hz Signal zur Verfügugn stellt.

Über dei gelegentlichen Ausraster beim 4046 habe ich auch schon einiges gelesen. Man muß da wohl etwas auf die Amplitude des Eingangssignals achten, denn einige der digitalen Eingänge sind keine ganz normalen.
Tests sind schwierig, da müßte man wohl schon eine extra Testgerät aufbauen, das über lange Zeit die Schaltung auf funktion testet und Fehler ggf. Protokolliert. Sonst müßte manmal etwas Stress ausüben um Fehler zu provozieren, also Versorgungsspanung höher/niedriger probieren.