1. Dein Text wird auch gelesen, wenn er nicht in Fett schwimmt
  2. Generell schwierig zu sagen, was schiefgeht, weil viele Makros im Code sind bzw. nicht der ganze Quellcode zu sehen ist. In main() fällt i zum Beispiel vom Himmel -- ne globale Variable namens i? Gleiches gilt für RP6_init_LEDs et al.: wo sind die Prototypen?
  3. Was meinst du mit "Speichereinstellungen". AVR sind recht kleine µC, für die es idR keine komplizierte Memorymodelle braucht. Zudem hat AVR keine zerfrickelte Speicherarchitektur qua Segmentierung wie XC16x. Segmentierung hat man für AVR während der Entwicklungsphase zum Glück wieder ausgebaut.
  4. Wenn du Probleme beim Debuggen hast, hilft es evtl. den Optimierungsgrad runterzudrehen oder vor der kritischen Stelle in die ASM-Ansicht zu wechseln und in Einzelschritt durchzugehen. Du bist erfahren in µC-Proggen, also sollte es dir einigermassen leicht fallen, die asm-Instruktonen den jeweiligen C-Anweisungen zuzuordnen und den Bösewicht zufinden. Oder beisst dir der Wachhund (WDT) ins Bein?