Wenn die zu mesende Spannung wirklich unabhängig ist, könnte man ja die Massen verbinden, wenn das nicht weiter stört. Sonst sollte man dafür sorgen das keine unkontrolliert hohen Spannungen (z.B. durch kapazitive Kopplung im Trafo) dazwischen sind, die könnten den Verstärker oder µC stören.

Man kann die Eingänge auch ganz gut schüzten: den Spannungsteiler eher hochohmig (kleiner Widerstand etwa 10-50 KOhm), dann Dioden nach GND und VCC und schließlich noch mal 1 KOhm zum AD Eingang. Wenn die Schaltng wenig Strom verbraucht, dann auch noch eine Zenerdiode an die Versorgungsspannung.