Die Taktumschaltung würde ich auch eher per Hand machen. Mit dem Monoflop könnte man Probleme im Übergangsbereich bekommen. Beim Umschalten könnten auch Glitches entstehen und den Controller stören.

Der Verpolungsschutz mit dem Bipolaren Transistor ist interessant, geht aber nur bis etwa 5 V gut, viel mehr verträgt die Basis Emitter Strecke nicht in Sperrichtung. Üblicher ist da ein P-MOSFET.