Also auch nach längerem Überlegen sehe ich keinen Weg, mit dem ADC des AVRs Messungen durchzuführen, die sich nicht auf GND beziehen. Nicht mit dem ATmega644P. Ergo ist es möglich, die Spannung der Zellen, die unmittelbar an GND liegen zu messen, jedoch nur die Durchschnittsspannung, der verbleibenden 5 Zellen. Es gibt wohl AVRs mit Diffential-ADCs, wie ich gerade gelesen habe. Werde ich nun mal suchen.
Im schlimmsten Fall muss ein externer ADC mit Differentialmessung her. Ich hatte gehofft dies aus Platzgründen vermeiden zu können.