Mach mal eine saubere Fehlerbetrachtung für die Fälle Messung mit zwei Multiplexern und Differenzverstärker vs. Messung an den Abgriffen und Differenzbildung zum vorherigen Messwert, am besten mit mehrfacher Mittelung. Da die absolute Spannung 12 mal so hoch wie die einer Zelle ist, brauchst Du auf jeden Fall schon mal 4 bit mehr effektive Auflösung des ADC als beim ersten Ansatz.

Wo bekommt man eigentlich die Aufgabe für so eine Entwicklungsarbeit, wenn man - dem Erstposting nach zu urteilen - keinen Teil des Ganzen eigenständig lösen kann...?
Wenn ich Dir damit Unrecht tue, solltest Du künftig Deine Problembeschreibung mit etwas mehr Eigeninitiative anreichern