HI Nils,
langsam wird´s mysteriös...

Die einzige Komponenten, die immer identisch sind, sind noch dein Akku und die Verbindungen vom Akku zur Platine.

Ah, vorgestern hatte ich noch eine Idee aber wieder vergessen: Stehen die Fuses in deinen Arduinos korrekt?
Ich kenne mich damit nicht so wahnsinnig gut aus, aber wenn beispielsweise der Clock nicht vom externen 16 MHz-Quarz sondern aus Versehen vom internen 8,xx MHz Oszillator abgeleitet wird, stimmt im Timing so gut wie nichts. Ob der Rest dann überhaupt noch funktionieren würde, wage ich zu bezweifeln, aber miss doch einfach mal an der grünen LED, ob dort die richtige Frequenz anliegt (Oszi hast du doch im Zugriff, oder?)
Willa hat die Zeile 1015 so kommentiert:
"Set Led_grn 'toggle green led every 500 cycles (I use this to determine the speed of the program)"
Da müsste Willa mal angeben, welchen Wert er dort normaler Weise misst.

Hast du noch parat, wann das Gezappel angefangen hat?
Du bist vorher geflogen wie ein junger Gott, dann hast du auf 2,4 GHz umgerüstet, Piepser eingebaut, Nivellierung im Flug eingebaut, das Kameragedöns angeflanscht...
Hast du auch Willa Mod auf Hardware-I²C nachgezogen?