Der interne transistor beim NC34063 ist besser als ein externer bc140. Mit den internen Transistor sollte man fast die ganzen 500 mA nutzen können die der USB liefert. Also erst mal mit dem internen Transistor.

Reichlich Elkos haben erst mal wenig einfluß auf die Belastbarkeit. Wirklich zu groß wird man so schnell nicht, eher zu klein.
Die Spule könnte aber wirklich ein Problem sein. Wenn man da in die Sättigung geht ist das schlecht und kann u.U. den Schalttransistor zerstören.
Ohne Oszilloskop ist es auch schwer zu erkennen was nicht geht.

So schlecht sollte die Stabilisierung nicht sein. Mit etwa -0,1 V wird man bei Belastung rechnen müssen. Dazu aber die üblichen HF Störungen. Was soll die Schaltung denn machen, das man +-18 V braucht.
Zenerdioden sind am besten bei etwa 6-7 V.