Hallo joerka,
ich habe mit usbProg von Benedikt Sauter gute Erfahrungen gemacht und nutze es auch unter Vista x64.
Hier mal ein Link dazu:
http://www.embedded-projects.net/usbprog
Das Teil kann nicht nur einfache AVRs flashen, sondern kann durch einen großen Firmwarepool auch viele andere nützliche Dinge erledigen.

Gruß