Offensichtlich ist dein Programm zu langsam, darum werden Flanken übersehen.
Es liegt wahrscheinlich an den ganzen SerWert-Ausgaben. Ein einziges Zeichen braucht 4,16 Milisekunden zum Senden. Angenommen, alle deine Variablen haben gerade drei Zeichen. Dann kommst du mit Zeilenumbruch auf 20 Zeichen, oder 83 Milisekunden. Daher werden die Encoder nur alle 83 (plus sonstige Rechenzeit) Milisekunden angefragt. Daher kann dein Programm nur etwa 12 Impulse pro Sekunde verarbeiten.