Also ich habe in eclipse einfach avrdude als externes Tool angegeben...
Klappt prima.

Was genau musst du denn noch wissen?
Eigentlich musst du ja nur ein standard-make C-Projekt erstellen, den makefile anpassen und fertig.

Das AVR Plugin kenne ich leider nicht, aber dort steht:
Hauptneuigkeit ist natürlich die Unterstützung von avrdude. Damit kann
man jetzt Projekte direkt von Eclipse aus auf eine MCU hochladen.