Ein Schaltplan wäre hilfreich.

Also, ich würde jeweils 12 Anoden der LED's über einen Transistor auf +5V schalten.
In die Kathoden der LED's jede Gruppe weden miteinander verbunden und dann über einen gemeinsamen Widerstand an die Matrixsteuereinheit, die nach GND schaltet angeschlossen.
Also LED1, LED13, LED25 ( 2,14,26; 3,15,27; usw. ) wird an den Kathoden miteinander verbunden und dann über einen Widerstand an den Schalter gegen GND geschaltet.

Die Ansteuerung findet dann so statt.
Der Anoden Transistor 1 wird eingeschaltet, gleichzeitig werden die Kathoden auf GND geschaltet, die an dieser Stelle leuchten sollen.
Danach macht man das Gleiche für die 2te Stelle ( Transistor Stelle 1 aus, Transistor Stelle 2 an + zugehörige Kathoden ein ).
Und dann für die dritte.
Dann ist der Zyklus durch und es wird wieder von vorne angefangen.

Da dabei ja immer nur eine Anodengruppe eingeschaltet ist und jede aktive Kathode ihren eigenen Widerstand hat sollte es eigentlich zu keinen Helligkeitsunterschieden kommen.

Das Spielchen nennt man dann "Gemeinsame Anode", weil ein Digit immer eine gemeinsame Anode hat.
Natürlich kann man es auch genau umgedreht machen, also sprich die Anoden mit Widerständen versehen und die Digits an der Kathode schalten = gemeinsame Kathode.

Für die Anodentransistoren sollten sich viele PNP Kleinleistungstransistoren eignen. Ich würde da aber lieber einen kleinen P-Kanal Fet oder einen P-Darlintontransistor einsetzen.

Als Kathodenschalter kann man natürlich auch die Ports des Controllers verwenden, wenn der Strom pro Port nicht über 20mA liegt und der Gesamtstrom des Controllers unter 200mA bleibt.
Probleme sind dann aber trotzdem bei den PWM's und den A/D Wandlern zu erwarten, wenn man die benutzt.
Darüm würd ich ein paar Cent investieren und einen Treiberbaustein wie den ULN2003 ( 2 Stück )bzw. ULN2803 einsetzen.
Die Treiberbausteine hätten auch noch den Vorteil, das die Anodenspannung auch über 5V liegen darf, wenn man die Ansteuerung der Transistoren in den Anoden entsprechend ändert.
Ich hab das so gemacht, weil meine Displays 7,6V Schwellenspannung haben und ich somit das Display mit 12V betreiben will.