@Willa, ok bei Brushless weis ich es nicht so genau, aber ich hätte es jetzt einfachmal versuch mit der klassischen Lösung (hier aber besser nochmal recherchieren ob es so geht). Ansonsten muss man eine Filterelektronik aufbauen.
Was du beschrieben hast klingt so na parasitären Effekten die durch eine unsaubere Signaltrennung entstehen können. Grundsätzlich sollte die Leistungsmasse nicht direkt mit der Logikmasse verbunden werden.

Für Störungen mit dem Sender können auch Leiterschleifen und ähnliches verantwortlich sein. Die HF Entstörung ist ein bischen komplizierteres Gebiet. Wie das auf der Rückseite deiner Lochrasterplatinen aussieht seh ich nicht, aber es klingt alles so als wenn sich hier Signale überlagern die eigentlich sauber getrennt werden müssen.

So wie du es schon richtig erkannt hast, jeder Motor regelt sich selbst, bzw. bekommt eine Intelligenz die die Regelung übernimmt. Je näher der Regler am Motor ist, desto weniger Signalverluste gibt es auf der Leitung. Vermutlich sind deine Störungen auf die Lochrasterplatinen zurück zu führen. Daher braucht es wahrscheinlich keine dezentrale Regelung.

Das Problem bei Motoren ist immer, dass man eine Spannung anlegt und dann hofft daraus eine Drehzahl zu bekommen. Diese ist mehr oder minder proportional zu Spannung. Da Motoren fertigungsbedingt unterschiedlich sind, kommt bei z.B. 12V nicht immer die gleiche Drehzahl raus (Roboter die auf dem Boden fahren, haben dann einen links oder recht drift). Bei den BL Motoren ist es nicht anders.
Was mir aber gerade auffällt ist, dass dich nicht die Drehzahl sondern nur der Schub der Motoren interessiert, der Sensor dafür sind die Gyros. Wenn du für zwei Motoren ein Gyro verwendest, brauchst du aber trotzdem zwei Regler, den jeder Motor reagiert anders auf das Sensorsignal. Hier vielleicht nochmal anpassen.

Dein Regler muss natürlich entsprechen schnell und fein arbeiten (gerade bei Flugzeugen sind Totzeiten unbrauchbar). Der P Regler reicht nicht, das hast du schon erkannt, daher würde ich einen versuchen einen PID-Regler aufzubauen. Damit lassen sich Überschwinger eigentlich recht gut erschlagen.