@gyrosp, versuch dich mal gedanklich davon zu trennen, das eine optische Anordnung auch einer schaltungstechnischen Anordnung entspricht.
Nur weil die LEDs eines Segments in einer 3x3 Matrix angeordnet sind, musst du deswegen keine 3x3 Schaltungsmatrix aufbauen.
Bleibe einfach beim 4x9 Multiplexing, das wird dir die wenigstens Schwierigkeiten machen.
Auch die Programmierung vom Charlieplexing ist komplexer als beim Multiplexen ... ich würde es an deiner Stelle mit dem Charlieplexing lieber lassen, ehrlich!

Öhm ... was willst du mit den Kondensatoren beim Dimmen? Falls du transistoren meinst, so reichen "normalen" Transistoren aus. BC548 oder BD179 (grob geschätzt) je nach Stromhunger deiner favorisierten LEDs. Ein Blick ins Datenblatt der Transistoren ist angebracht.

@thewulf00: 12:34 ... sieht cool aus