Du kannst ja weiter Deine jetzige Programmier-Software zum Flashen nehmen. Das AVR Studio arbeitet nur mit einigen wenigen Programmern zusammen (die findest Du unter Help|AVR Tools User Guide).
Wenn Du nicht den Simulator zum Debuggen verwenden willst, sondern die eigentliche Hardware, müsstest Du z.B. einen AVR Dragon nehmen -- der kann JTAG und Debug Wire.