GEnau wie Sauerbruch sagt, gibt es im Falle von Inputs 2 Nutzungen der Register.
Wenn man auf Output stellt, gibt es nur an/aus, aber wenn man auf input stellt gibt es an/aus (von außen), und es gibt pullUp-an/aus, so dass Atmel das Port-Register in diesem Fall doppelt nutzt. Clever, wie ich finde.

Edit: Es heißt natürlich input...