Ich kenne den Programmer nicht, aber einige bessere Programmer könnten nach dem Programmieren die Ports hochohmig schalten. Dann sollte es weng Unterschied machen ob der Probrammer noch dranhäng. Es könnte sein das der Programmer noch im wesentlichen funktioniert, aber nur die Pins nicht mehr hochohmig kriegt. Das kann auch an einer geänderten Software liegen.

Ein teilweiser Defekt am Controllerboard wäre da eher unwarscheinlich. Wenn schon, dann wohl ein Problem mit der Spannungsversorgung.