Die Vermutung kam halt nur auf, da vor der Verwechslung der Ports immer alles funktioniert hat, auch mit angeschlossenem Programmer.
Es ist übrigens wirklich so, dass, nachdem ich die Software übertragen und den Programmer dann vom Board genommen habe, alles so funktioniert, wie es soll. Das Problem wäre also dann erstmal gelöst, allerdings ist das ewige Gestöpsele ziemlich nervig.

PS: Es handelt sich um RN-Control 1.4