Popi, Kollege, das "Waitms 1000" alleine ist ja noch kein entprellen.
Du mußt danach schauen, ob der INT0-Eingang immer noch = 1 ist, und NUR DANN machst du auch den Rest von der ISR.
Wobei 1 ganze Sekunde etwas viel scheint.
Code:
ISR_VON_INT0:
       Waitms 1
       IF  PIND.2 = 1 THEN        ' (atmega32) 
             ... 
             ...
      END IF
      RETURN

EDIT: wenn das dann immer noch 2x aufgerufen wird, ist vielleicht wirklich dein Signalinput etwas zu viel verwackelt